Wenn Du den gesamten Ordner loeschst, dann setzt Du den Firefox auf die Standardwerte zurueck. Er verhaelt sich dann so wie nach einer frischen Installation, Du verlierst aber auch alle Cookies, Extensions, Deine History usw. Die Extensions kannst Du explizit behalten, wenn Du nur den Ordner Firefox loeschst, aber nicht den Ordner Extensions (die liegen beide in dem Mozilla-Ordner drin, wenn mich jetzt nicht alles taeuscht).
Du kannst auch vorher Deine History etc. irgendwo backuppen (Fx hat da diverse Extensions fuer; oder einfach den Ordner vorher irgendwo hinkopieren und, falls es nichts bringt, wieder zurueck). Das funktioniert auch zwischen Installationen; also Ordner sichern, Firefox loeschen, neu installieren, Ordner zurueckkopieren, dann bist Du wieder auf dem Status wie vor der Deinstallation. Besagte Extensions automatisieren diesen Prozess fuer Dich, und sichern die Sachen wahlweise auch irgendwo online, so dass Du mehrere Firefoxes auf mehreren Computern synchron halten kannst.