Also eigentlich wurde das doch imho recht eindeutig geklärt. In der Vergangenheit hat sich June von diesem metamorphoganischen (~~~) Feld mit Junpei in der Zukunft auseinandersetzen können, damit dieser das Rätsel für sie lösen kann. Damit das allerdings auch wirklich stattfindet und sie nicht plötzlich anfängt zu verpuffen( oder in dem Fall: zu verbrennen (erinnert euch doch daran, dass jedes Mal, wenn man ein Ending erwischt hat, welches nicht das True Ending war, dass ihr plötzlich schwindelig und total warm wurde?

)), hat sie 9 Jahre mit der Planung des Nonary-Games verbracht und noch bei Gelegenheit Rache an den Cradle Leuten genommen.
Die Timeline ist ein wenig schwer zu erklären, aber sie wird eigentlich dadurch bewiesen, dass
1.) Sich die Vergangenheit von Seven auch ändert und er sich daran erinnert, sie gerettet zu haben
2.) Akane in den Bad Endings NICHT herzlos, kalt und genaustens planend ist (wie sie ja eigentlich auch ist, alles ist so konstruiert, dass Junpei in der Gegenwart sie in der Vergangenheit rettet und dementsprechend musste sie ihn auch dazu verleiten, eben dieses starke Band wieder mit ihr aufzunehmen, damit das möglich ist). Das sieht man darin, dass ihre letzten, ehrlichen Worte (wie Leute nunmal halt sterben) sich darauf beziehen, dass sie sich sehr darüber gefreut hat, Junpei wieder zu sehen. Sprich: Durch den Tod in der Gegenwart konnte sie in der Vergangenheit nicht mehr überleben und wurde auch nie so eine Person.
Also im Prinzip gings darum, dass sie dafür sorgen musste, auch in der Gegenwart am Leben zu bleiben. Und dabei war es ihr auch noch wichtig, die Verantwortlichen des 1. Spiels umzubringen.