Ich finde nicht, dass Mari überflüssig ist. Sie ist die logische Konsequenz aus dem, was wir bisher gesehen haben. Shinji steuert den Eva im ersten Film, weil es das ist, was andere von ihm erwarten. Spätestens in der Mitte des zweiten Films lernen wir aber, dass das nicht nur ein dämlicher Grund ist, sondern ihn auch früher oder später kaputt machen würde. Asuka weiß es besser und steuert den Eva für sich selbst. Dafür begeht sie aber den Fehler, ihr gesamtes Selbstwertgefühl aus ihrer Rolle als Eva-Pilotin zu beziehen.
Mari ist wichtig, weil sie einen Schritt weiter ist als Asuka. Für sie ist der Eva kein Selbstzweck, sondern ein Werkzeug, das sie zur Umsetzung ihrer (noch unbekannten) Agenda einsetzt. Wenn sie dafür mit den Erwachsenen zusammenarbeiten muss, die hinter ihrem Rücken eigene Pläne schmieden, dann tut sie das eben. Und genau das ist doch der Hauptkonflikt im zweiten Film. Shinji lernt, dass er sich nicht zu einer Marionette seines Vaters machen lassen darf (Stichwort Dummy Plug System), dass Weglaufen aber auch nicht funktioniert, weil er trotz allem mit seinem Vater zusammenzuarbeiten muss, um das zu tun, was er allein nicht schafft, nämlich Rei zu beschützen.
Durch Mari versteht man besser, was Asuka falsch macht. Asuka hätte sich wahrscheinlich lieber in Stücke reißen lassen, als ihren Eva zu Opfern, so wie Mari es mit Eva Einheit 5 in der ersten Szene des Films macht. Mari kann das ohne zu Zögern tun, weil die Evas für sie bloß Werkzeuge sind.