Die Änderungen am Mapping-System sind mMn aber tatsächlich die einzigen Änderungen, bei denen man von einem Nachteil des ACE gegenüber des XP reden kann.
Wobei ich hier persönlich nicht sicher bin, ob es wirklich ein Nachteil ist. Das System im ACE funktioniert nur einfach sehr anders als man es gewohnt ist. Es gibt immer noch 3 (Lower, Half-Lower und Upper) Layer + Eventlayer, nur das es jetzt von der Position im Tileset abhängt auf welchem Layer ein Tile landet. (etwas, das schon im 2k und 2k3 der Fall war)
Durch die Möglichkeit Tilesets aber aus mehreren Grafiken zusammen zu setzen, halte ich das Mapping-System des ACE für genauso ausdruckstark wie das des XP. Man muss nur je nachdem, etwas mehr Arbeit in die Zusammensetzung der Tilesets stecken als noch im XP.

Ich wollte aber noch mal eine andere Sache ansprechen, die Skripte. Eine große Stärke des XP gegenüber den älteren Maker war ja das Skriptsystem. Der ACE bietet nicht nur mehr Funktionalität im Event- und Datenbanksystem (das alleine schon sehr flexibel geworden ist), sondern auch ein verbessertes RGSS. Der Effekt für Nicht-Skripter ist, dass es so gut wie keine Inkompatibilitäten mehr zwischen Skripten gibt. Ein "Mergen" von zwei Skripten ist nicht mehr nötig, in seltenen Fällen ist vielleicht eine leichte Anpassung nötig - aber das ist wirklich die Ausnahme.
Unterschätzt die technischen Möglichkeiten des ACE nicht. Ich kenne den VX nicht, aber im Vergleich zum XP ist der ACE jetzt schon von grund auf darauf ausgelegt, dass der Nutzer weitreichende Anpassungen vornimmt. Der XP war noch auf ein sehr starres RPG-Bild hin ausgerichtet und das Ausbrechen aus diesen Vorgaben war zwar möglich aber aufwendig. Der ACE ist in der Hinsicht von Grund auf flexibler. Er wird dadurch nicht direkt mächtiger als der XP, das Arbeiten mit ihm wird nur sehr viel angenehmer und einfacher.

Ich war beim Maker immer jemand der technische Spielereien mochte, weswegen ich Ruby im XP schon für den Riesenvorteil sah. Im ACE habe ich jetzt erstmals das Gefühl, so gut wie gar nicht mehr selber Ruby-Skripte schreiben zu müssen. Einfach weil schon soviel durch die Datenbank und Events möglich ist und weil es schon so viele Skripte gibt, die einfach per Plug&Play funktionieren.