Ich gehe einfach mal die einzelnen Generationen durch:

NES: Hier gewinnt Dragon Quest haushoch. Es hat nicht nur das Genre begründet. Mit DQIV stellt es auch einen der bis heute besten Teile aus beiden Serien.
SNES: Ausgeglichen mit leichten Vorteilen für FF. DQV, DQVI und FFIV sind sehr gute Spiele. FFVI ist fantastisch.
PS1: Hier geht der Sieg ganz klar an FF. DQVII ist zwar nicht schlecht aber sehr zäh. FFVII und FFIX sind super.
PS2: Ausgeglichen mit leichten Vorteilen für FF. FFXII gefällt mir zwar noch ein kleines bisschen besser, aber DQVIII ist absolut auf Augenhöhe.
Aktuelle Generation: DQIX ist zwar für DQ-Verhältnisse mässig, setzt sich aber doch deutlich gegen FFXIII durch.

Insgesamt ist DQ die konstantere Serie. Ausfälle nach unten gibt es nicht. Die Highlights (IV, V, VIII) sind trotzdem fantastisch. FF hat dagegen ein paar Ausfälle für meinen Geschmack (II, XIII und mit Abstrichen auch V und X). Das ist aber auch dadurch bedingt, dass DQ sehr konservativ ist, während FF ständig versucht, sich neu zu erfinden. Aber da FF schon ein paar Teile mehr hat, kommt man insgesamt auch auf etwa genauso viele Spitzenteile wie bei DQ. Ausserdem spricht der Nostalgie-Faktor klar für Final Fantasy.

Insgesamt eine knappe Entscheidung, die aber bei mir zu Gunsten von Sakaguchi ausschlägt.