Eigentlich dürfte das kein Problem sein, PPs laufen (normalerweise) auch parallel zu AutoStart-Events.
Füg mal an den Anfang der PPs einen Messagebefehl ein, so kannst du überprüfen, ob der PP auch wirklich startet. Danach baust du nochmal einen in die Mitte des Codes, und schaust so, wie weit der PP denn kommt.
Wenn der Messagebefehl gar nicht auftaucht, schaust du mal, ob auch alle Switches und Variablen die du brauchst nicht irgendwo verändert werden. Wär auch ne mögliche Fehlerquelle.