Erstmal willkommen im Forum.

Zunächst die Kisten/Behälter-Grundlagen:
Es gibt unsichere und sichere Container in Skyrim. Meistens triffst du auf unsichere Behälter, welche respawnen, das heißt dass sie nach einer bestimmten Zeit ihren Inhalt zurücksetzen und alle darin befindlichen (selbst hineingelegten) Gegenstände verschwunden sind. Sichere Container (das heißt, solche die nicht respawnen und ihren Inhalt für immer behalten) hast du vorwiegend in den Häusern, welche du im Laufe des Spiels erhälst. Auch die Behälter der Mod-Häuser sind meistens sicher.

Was dir nun passiert ist:
Anscheinend hat der Mod-Ersteller es verschlafen, aus den Kisten in deinem Haus sichere Container zu machen. Wäre gut zu wissen um welche Mods es sich handelt.
Kurz gesagt, der Inhalt ist weg und Ersatz ist nirgendwo hinterlegt.

Eine Möglichkeit wäre (vorausgesetzt du hast das Spiel auf dem PC), dass du dir die Items per Eingabekonsole wiederholst. Dazu suchst du dir die IDs der jeweiligen Items raus (zb hier das Item suchen und nach der Zeile ID gucken) und cheatest dir damit die Items bei geöffneter Eingabekonsole (ingame ^-Taste drücken) ins Inventar mittels player.additem <ID> <Anzahl>
Was ich allerdings nicht ganz verstehe: Warum behindert der Verlust von Erz und Craftingmaterial deine Skillung?! Musst du nur noch Schmieden erhöhen?