Meine Güte, schreibt doch nicht so viel auf einmal, das dauert ja ewig das alles nachzulesen.

Falls es von vorne herrein organisierte Gegenmaßnahmen und Kontrolle über Equestria gibt, dann stimme ich Jeez' Vorgehen zu. Wenn dies aber nicht der Fall ist, zum Beispiel durch die Abwesenheit der Prinzessinnen (wie Karl es in den Annahmen vorgeschlagen hat) ist so ein Vorgehen wohl kaum möglich und zu der Situation habe ich mir ein paar Gedanken gemacht.

Also ich denke die beste Lösung wird es wirklich sein, wenn die Ponies sich verbarrikadieren. Wenn sich einige Einhörner zusammentun, dürften sie ein brauchbares Schutzschild aufrecht erhalten kriegen, wenn man sich ankuckt was Twilight schon alleine anscheinend ohne große Mühe schafft. Sofern es wirklich keine waffen in dem Sinne wie wir sie kennen gibt, gibt es immer noch die Einhornmagie. Damit wäre es möglich direkt was zu machen (z.B. Feuerzauber oder ähnliches), Werkzeuge wie Hämmer, Äxte oder einfach große Steine zu levitieren und als waffen zu benutzen oder die Zombies direkt zu levitieren und ihnen damit die Köpfe abtrennen oder sie alle in einen dafür gesicherten Bereich zu verfrachten und wegzusperren. Eine Andere Möglichkeit wären auch zum Beispiel Eisenstiefel für die Hinterbeine für Erdponies, denn wenn Applejack damit einen Zombie "buckt" wird auch nicht mehr viel an dem heile sein. (In diesem Falle Stiefel, damit die Beine beim Angriff geschützt sind und nicht durch einen unglücklichen Umstand verletzt werden können.)
Nachdem man so die unmittelbare Umgebung gesichert hat, sollten schnelle Pegasi wie Rainbow Dash ausgesand werden um zu kundschaften, die sollten schnell genug sein um sich nicht erwischen zu lassen. Dann kann man sich mit anderen Überlebendencamps in Verbindung setzen und anfangen koordiniert großflächig zu säubern. Dabei sollte versucht werden Gebiete wie Sweet Apple Acres zu sichern, um die Nahrungsversorgung zu gewährleisten. Generell ist es jetzt erstmal die Versorgung und die Kommunikation zu anderen Überlebenden zu sichern.
Während so Stück für Stück Equestria wieder bewohnbar gemacht wird, werden dann einige noch funktionierende Zombies eingefangen und Untersucht um mehr darüber zu erfahren wie die Krankheit oder was auch immer das ausgelöst hat funktioniert damit man in Zukunft von vorne herrein ein Gegenmittel oder zumindest ein effektives Mittel zur Beseitigung hat. Vielleicht sogar eine Art Schutzimpfe.
Auch wenn die Plage größtenteils beseitigt ist, sollte es noch organisierte Suchtrupps geben, die die letzten Reste ausfindig machen.