Ich kenn mich ziemlich gut im Maker aus und das reinkopieren von Ressourcedateien hat rein gar nichts mit den Mapdateien zu tun. Weder von der Dateistruktur her, noch wie die beiden Arten von Dateien (Ressourcen und Maps) gehandhabt werden ^^
Wie Deamonic schon sagt, kann der Maptree (die lmt-Datei, soweit ich mich entsinnen kann) nur durch fehlerhaftes Abspeichern - oder aber auch einen Sektorfehler an genau der Speicherstelle der Maptree-Datei auf der Festplatte - korrumpiert werden.
Wenn mal ein Maptree-Crash auftritt, dann ist aber nich nicht aller Tage Abend. Einfach ein neues Projekt mit genau gleich vielen Maps erstellen und dann die lmt-Datei ins betroffene Projekt rüber kopieren. Dann ist wieder alles in Butter, ausser dass die virtuelle Ordnerstruktur im Maptree wieder manuell erstellt werden muss.