Nach ein wenig ausprobieren kam ich auf folgende Lösung.
Auch wenn diese nicht sonderlich hübsch ist und es wahrscheinlich auch besser geht muss ich leider sagen, dass das System mit welchem der VX Messages verwaltet übertrieben kompliziert und wenig kontrollierbar ist.

Du müsstest in der Klasse "Scene_Map" folgende Methode hinzufügen:
Code: 
  def end_message_instantly
    $game_message.main_proc.call if $game_message.main_proc != nil
    $game_message.clear
    @message_window.finish_message
    @message_window.terminate_message
  end
Ein Aufruf dieser Methode wird leider nicht alle messages entfernen welche hintereinander kommen könnten sondern lediglich die derzeit laufende Message.

Du kannst diese Methode innerhalb eines Events aufrufen lassen mit folgendem Script:
Code: 
$scene.end_message_instantly

Ich hoffe das kann dir soweit helfen, vielleicht meldet sich bald noch jemand mit einem besseren Vorschlag.