Wechsel die $scene zu einer eigenen neuen. Die Update-Methoden aller Kartenobjekte werden durch die $scene hervorgerufen.
Falls du die Karte selbst im Hintergrund sichtbar behalten möchtest müsstest du jedoch ein wenig weiter herumbasteln um das Spriteset der Scene_Map zu übernehmen.
Andernfalls könntest du auch einfach die Scene_Map Klasse so überarbeiten, dass du eine Pause-Funktion für Events und Player einbaust.