Ich habe zwar Deus Ex als Beispiel genommen, aber allgemein gesprochen. Ich habe Deus Ex um ehrlich zu sein auch nicht gespielt.
Aber wenn man mehrere Möglichkeiten anbietet um Probleme zu lösen, und die Möglichkeiten sich in diesen Bereichen zu verbessern, so sollte es dann auch immer alle besagten Möglichkeiten geben jedes Problem zu lösen.

Angenommen ein Spiel bietet mir Alternativen an ein Problem heranzugehen, und in jedem der Bereiche kann ich mich verbessern.
Nehmen wir einmal an diese wären: Kämpfen, Reden und Täuschen.
Wenn ich nun einmal angefangen habe einen Weg zu gehen, werde ich wahrscheinlich auch dabei bleiben. Heißt wenn ich einmal angefangen habe, Probleme mit Kampf zu lösen, und meinen Charakter in diesem Bereich verbessert habe, so werde ich wohl auch weiterhin Probleme durch Kampf lösen. Selbes gilt für Reden und Täuschen. Gibt es jetzt aber ein Problem welches auf einer der genannten Arten nicht lösen kann, und habe dann auch noch das Pech, dass ich mich genau auf diese Art spezialisiert habe, so kann ich schlimmstenfalls das Spiel nicht beenden.
Die Folge daraus ist: Ich muss konsequent bei der Umsetzung sein, und immer für jedes Problem alle Lösungsvarianten anbieten. Das bedeutet allerdings eine Vervielfachung des Aufwands beim Erstellen des Spiels.
Ist dann eben die Frage ob man bereit ist diesen Aufwand auch zu betreiben.