Die Ladereihenfolge kann dann zu Problemen führen wenn zwei Dinge das selbe 'Objekt' im Spiel ändern. Dann werden die Änderungen des Plugins das weiter vorne in der Ladereihenfolge steht ignoriert.
Nehmen wir als kleines Beispiel an, das zwei Plugin die Eisenschwerter ändern. Dann werden die Änderungen des Plugins, das weiter vorne in der Ladereihenfolge steht vom anderen Plugin überschrieben. Das ist dann kein Problem wenn du die Änderungen des zweiten Plugins haben willst und dir die vom ersten egal sind. Problematisch wird es z.B. dann, wenn du ein Übersetzungsplugin nach eine Plugin, das die Waffen rebalanced lädst. In dem Fall werden das Balancing der Waffen durch das Übersetzungspluin gestört, weil es Waffen mit den alten Werten gibt.

Zu dem Problem mit der Uni: Mir sind noch ein paar Dinge eingefallen als ich das mit der Ladereihenfolge geschrieben habe.
Hast du die beiden einzelnen Plugins, die Markt und Hagen verändern, deaktiviert? Wenn nicht könntest du das mal versuchen.
Sollten sie schon deaktiviert sein oder das Deaktivieren nichts bringen kannst du auch noch mal versuchen alle Dateien, die in diesen Plugins enthalten waren zu löschen. Ich kann mich erinnern, das zumindest ein Teil der Landschaft auch direkt über Dateien geändert werden konnte und wenn die beiden Plugins das gemacht haben könnte das zu dem Höhenunterschied führen.

Sollte das alles immer noch nicht helfen könntest du eventuell noch mal deine komplette Modliste posten. Am besten aber nicht die aus dem Launcher sondern aus einem Tool wie dem Modmanager oder Wyre Bash, da diese auch die Leidereihenfolge anzeigen oder danach sortieren.