Das es mit den Radiant quests zusammenhängt halte ich für sehr unwahrscheinlich. Schliesslich sind das Quests, die nach belieben in irgendwelchen dungeons platziert werden. Ich würde eher vermuten, dass in den Daungeons trigger gesetzt sind, die ausgelöst werden, wenn der spieler einen bestimmten ort erreicht, eine bestimmte truhe plündert oder einen bestimmten gegner tötet(wahrscheinlichkeit in der reihenfolge).

Bei den Höhlen, mit nicht-radiant quests wie z.B. Snow Veil Sanctum für die Diebesgilde(wo man mit Mercer nach Karliah sucht) wird bei mir auch ein nicht cleared angezeigt obwohl ich noch ein zweites mal durchgelaufen bin. Ähnlich ist es mit sachen, die nicht in eigenen cells liegen wie Valtheim Towers östlich von whiterun.