Ich denke es waren vielleicht Easter Eggs aber die Universen haben sich nie wirklich ausgeschlossen. Ansonsten das was Knuckles sagt, Dingsbumms Duck war ja schon ein etablierter Superheld als er Eddys Leben anfängt schwer zu machen und ihm seinen Ruhm zu klauen, also ist schon davon auszugehen, dass es ursprünglich zeitverzögert spielt.

Vielleicht erleben wir so das Zwischenstück wie Quack rüberwechselt oder die beiden erstmals Aushilfsweise zusammen arbeiten. Soweit ich mich erinnere hat Darkwing ja auch erstmal allein gearbeitet und Quack kam später hinzu.