Ich dachte das ist bekannt. Bis weit in die PS2 Zeiten hat man selbst bei großen japanischen Publishern teilweise keine Archivierung bzw. Versionskontrollsysteme benutzt. Selbst bei Square war es zu PS1 Zeiten bei einigen Titeln so schlimm, dass direkt nach dem japanischen Launch der Code/einige Teile des Spiels verschwunden sind und man deshalb zu dem Spiel keine Lokalisation machen konnte.
Zu dem Thema gibt es ein sehr gutes Interview mit dem damaligen Übersetzer bei Square oder auch Podcast Besuche von solchen Leuten, z.b. bei 8-4 play. (Ich kann aber keine konkrete Episoden nennen) Da wird das immer mal wieder zur Sprache gebracht.