Dann installier Steam eben nicht auf C, ist doch keine große Sache.
Falls du nicht alles neu installieren möchtest, einfach Steam komplett beenden (Auch den Hintergrundprozess) und den Steam Ordner inklusive Skyrim auf deine andere Partition verschieben.
Jetzt Steam von dieser starten, Dekstop Verknüpfung neu anlegen und fertig.