Afaik müsste das gehen, sicher bin ich mir aber nicht - Ich kann auch komplett falsch liegen.
Ich habe Steam auf meiner Systemplatte im Programme-Ordner und bisher gab es auch da keinerlei Probleme. Steam macht für jedes Spiel eigene Unterordner und greift nie auf andere Dateien oder Ordner zu, die außerhalb des Steam-Ordners liegen - Da brauchst Du Dir also keine Sorgen machen.