Das bezieht sich auf 気づいているんだ. Das machen Japaner im Sprachgebrauch sehr oft, ich glaube, Ran hat es sogar schon mal irgendwo erwähnt, dass man da gerne herumdreht mit den Satzteilen.
Dreh die Sätze mal um, dann machts auch Sinn: キミが、いちばん勇気を振り絞っていることを気づいているんだ.