Ich kann der Theorie, man jage die ganze Zeit nur Jenova, nicht wirklich viel abgewinnen.
An manchen Stellen wäre es denkbar. Im Shinra-Gebäude oder auf dem Frachtschiff spricht an sich nichts dagegen, dass es sich nur um Jenova in Sephiroths gestalt handelt. Aber beim Tempel des Alten Volkes bröckelt die Theorie schon ziemlich, wie ich finde. Sephiroth reagiert entsprechend, wenn er bei seinem Namen von Cloud angesprochen wird (vor dem Kampf gegen den Roten Drachen), redet von seiner Mutter, und erzählt von seiner Reise durch den Lebensstrom.
In der Stadt des alten Volkes ist das aber nochmal was anderes.
In der Traumszene sagt Sephiroth zu sich selbst "Wir müssen dieses Mädchen schon bald stoppen", während der Szene am Altar gibt es auch keinen klaren Anhaltspunkt dafür, dass es sich um Sephiroth handelt, und um noch eins draufzusetzen, ist es die einzige Stelle, an der Jenova einen Satz von sich gibt.

Ich denke, bei der Figur, die man über das Spiel verfolgt, kann man nicht klar trennen zwischen Sephiroth und Jenova. Dass fast überall ein NPC was zu einem vorbekommenden "Mann in Schwarzem Umhang" sagen kann, lässt auch nicht wirklich die Vermutung zu, dass man es mal mit Sephiroth, mal mit Jenova zu tun hat, da es anscheinend nur eine physische Form gibt, die umherwandelt.

Wahrscheinlich muss man sich mit der seltsamen Vorstellung begnügen, dass beide quasi vereint eine Marionette in Sephiroths Gestalt um die Welt schicken, um Jenova's Körper zum Nordkrater zu bringen, und die schwarze Substanz zu beschaffen.