Ich habe es gerade einmal ausprobiert, es scheint so, als ob der RMXP für einfachere Bedienung (oder aus anderen Gründen) die Arrays für $game_actor und $data_classes mit 1 beginnen lässt.
Das heist, für den Charakter mit der ID 1 musst du tatsächlich die 1 verwenden.

Falls du also in deinem "Conditional_Branch" beispielsweise die Bedingung "Stufe von Klasse[1] für Charakter[1] größer/gleich 3" einbauen willst musst du folgenden custom script in das Textfeld eingeben:
Code: 
$game_actors[1].class_levels[1] >= 3
Falls du die Klassenstufe des ersten Charakters um 1 erhöhen willst musst du im Call-Script folgende Zeile eingeben:
Code: 
$game_actors[1].class_level_up
Ich habe beides gerade ausprobiert und es hat funktioniert.