Zu deinem ersten Problem:
Die Game_Actor class besitzt in dem Script ein array namens @class_levels[], um die Stufe einer bestimmten Klasse für einen bestimmten Charakter zu erhalten musst du also folgenden Code ausführen:
Code: 
clvl = $game_actors[char_id].class_levels[class_id]
die lokale Variable "clvl" würde also auf die Stufe der Klasse mit der ID "class_id" für den Charakter mit der ID "char_id" gesetzt werden.
Bedenke dabei, dass Arrays mit dem ersten Element an der Position 0 beginnen, das heist für die dritte Klasse des ersten Charakters müssten char_id == 0 & class_id = 2 sein.

Zu deinem zweiten Problem:
Um die Stufe einer Klasse manuell zu erhöhen ist hier etwas mehr Arbeit gefragt da der Author dafür keine direkte Methode implementiert hat.
Es scheint jedoch so, dass die Stufe einer Klasse immer dann erhöht wird sobald die Stufe des Charakters steigt.
Wird die Stufe eines Charakters jedoch verringert so wird die Klassenstufe nicht mit verringert.
Außerdem werden Fähigkeiten nicht verlernt falls die Stufe verringert wird.
Behalte diese Informationen im Hinterkopf.
Wenn du das "Legacy Class Change" Script öffnest findest du an der Zeile 485 bis ca. zur Zeile 600 die Modifikationen welche an der Game_Actor Klasse vorgenommen wurden. Unter anderem das Verhalten bei einem Stufenaufstieg.
Tauscht du diese Game_Actor Klasse mit dieser Variation hier aus solltest du in der Lage sein die Klassenstufe eines Charakters individuell zu erhöhen.
Code: 
class Game_Actor < Game_Battler
  attr_accessor :class_levels
  attr_accessor :unlocked_class
  attr_accessor :unlocked_specials
  #attr_accessor :locked_class
  attr_accessor :learned_class_skills
  attr_accessor :character_name
  attr_accessor :default_charset_name
  attr_accessor :battler_name
  attr_accessor :default_battler_name
  
# modify the actor setup for Legacy Class Change
  alias class_rank_level_LB setup  
  def setup(actor_id)
    class_rank_level_LB(actor_id)

# set up the initial default graphics (used by the graphic change system)
    @default_charset_name = @character_name
    @default_battler_name = @battler_name

# set up the class arrays used by the class changing system.
    @unlocked_class = []
    @unlocked_specials = []
    
# initialize the array that holds the class specific skills an actor has learned
    @learned_class_skills = []
    
# set up the class_levels
    @class_levels = Array.new($data_classes.size)    
    
    @class_levels.each_index {|i|
    if i == $data_actors[actor_id].class_id
      @class_levels[i] = 1
    else
      @class_levels[i] = 0
    end}

# initialize unlocked classes.
    (1...$data_classes.size).each{|class_id|
    unlock_class(class_id)}

  end
  
# method used to check if an actor meets the requirements for a class, and if he
# does, it will unlock the class for that actor
  def unlock_class(class_id)
    if !@unlocked_class.include?(class_id)
      if !LBConf::SPECIAL_CLASS.include?(class_id)
        requirement = LBConf.class_requirements(class_id) 
        result = true
        requirement.each_index {|i|
        if @class_levels[i] < requirement[i] 
          result = false
          break
        end}
      else
        result = false
        if unlocked_specials.include?(class_id)
          result = true
        end
      end
      if result 
        @unlocked_class.push(class_id)
        @unlocked_class.sort!
      end
    end
  end

  
# method used to unlock a special class for an actor.
  def learn_special_class(class_id)
    if !@unlocked_specials.include?(class_id)
      @unlocked_specials.push(class_id)
      @unlocked_specials.sort!
     end
   end
   
# method used to lock a special class for an actor.   
   def forget_special_class(class_id)
     @unlocked_specials.delete(class_id)
     @unlocked_class.delete(class_id)
     @unlocked_specials.sort!
     @unlocked_class.sort!
  end

# modifies how levelups are assigned, so as to add to a class' level upon level
# up.
  def exp=(exp)
    @exp = [[exp, 9999999].min, 0].max
    # Level up
    while @exp >= @exp_list[@level+1] && @exp_list[@level+1] > 0
      @level += 1
      self.class_level_up(@class_id)
    end
    # Level down
    while @exp < @exp_list[@level]
      @level -= 1
    end
    # Correction if exceeding current max HP and max SP
    @hp = [@hp, self.maxhp].min
    @sp = [@sp, self.maxsp].min
  end
  
  def class_level_up(new_class_id = @class_id)
    @class_levels[new_class_id] += 1 
        
    # modifies how skills are assigned, so that it's based on class level, rather
    # than overall level.
      $data_classes[new_class_id].learnings.each {|j|
        if j.level == @class_levels[new_class_id]
          learn_skill(j.skill_id)
          if LBConf.class_spells(new_class_id).include?(j.skill_id)
            @learned_class_skills.push(j.skill_id)
            @learned_class_skills.sort!
          end
            
        end
      }
  end
end
Über diese von mir (via copy&paste eines anderen Parts des Scripts) erstellte Methode namens "class_level_up([class_id])" kannst du die Stufe für jede beliebige Klasse des Charakters erhöhen.
Allerdings kann ich nicht mit 100% Genauigkeit sagen ob es Fehlerfrei sein wird da ich nicht das gesamte Script gelesen habe. Es sollte jedoch ausreichen.
Als Parameter nimmt diese Funktion eine ganze Zahl welche die ID der Klasse darstellt dessen Stufe erhöht werden soll, wird kein Parameter übergeben wird die Klassenstufe der derzeitigen Klasse erhöht.
Um die Stufe zu verringern sollte es ausreichen einfach das jeweilige Klassenlevel manuell zu verringern, um das Verlernen von Fähigkeiten müsstest du dich jedoch nach wie vor selbst kümmern da diese Funktion bereits im normalen RPG-Maker XP System nicht automatisch erledigt wurde.
Also im Klartext als call Script:
Code: 
$game_actors[char_id].class_level_up(class_id)
um die Stufe der Klasse mit der ID "class_id" für den Charakter mit der ID "char_id" um 1 zu erhöhen.
Oder:
Code: 
$game_actors[char_id].class_level_up
um die Stufe der derzeitigen Klasse des Charakters mit der ID "char_id" um 1 zu erhöhen.

Um eine Stufe zu verringern müsstest du folgendes tun:
Code: 
$game_actors[char_id].class_levels[class_id] -= 1
um die Stufe der Klasse mit der ID "class_id" für den Charakter mit der ID "char_id" um 1 zu verringern.
Du kannst übrigens die ID der derzeitigen Klasse eines Charakters jederzeit über den Befehl:
Code: 
actor_current_class_id = $game_actors[char_id].class_id
erhalten.

Um dein letztes Problem kann ich mich leider derzeit nicht kümmern, darauf wirst du wahrscheinlich noch etwas warten müssen.