mmh, komisch. Mein Win7 64-Bit kann USB Sticks mit FAT formatieren. Vielleicht liegt es auch an der Professional Version. Besitzt du vielleicht Home Premium?
Ansonsten GParted sollte dies könnten. GParted ist ein Formatierungs/Partionierungstool für Linux, welches auch als Live CD erhältlich ist.