Neben der Hauptstadt Gran Soren gibt es noch 3 Feldlager, in denen man übernachten, sowieso Gegenstände ein- und verkaufen und seine Habe an die Lagertruhe schicken kann. Alle anderen Siedlungen die du findest (Räuberlager, Abtei, Festungen) beherbergen zwar auch NPCs, allerdings keine Shops oder so. Es gibt aber an dem ein oder anderen Ort auch noch ein paar Quests die man annehmen kann.
EDIT: Ganz vergessen, es gibt auch noch das Dorf in dem man startet, hier darf man ebenfalls ein- und verkaufen, sowie übernachten und hat auch Zugriff auf die Lagertruhe (hab nur vergessen wie das Örtchen heißt).

Die Nebenquests unterteilen sich in Quests die du von Leuten in der Welt und von den Schwarzen Brettern annehmen kannst. Erstere haben auch immer ihre eigenen kleinen Geschichten (die ein oder ander hat sogar Einfluss auf die Hauptquest, z.B. Hilfe bei einem Kampf oder ähnliches), letztere sind entweder Eskortmissionen, Sammelmission oder Tötungsmission.

Was vielleicht noch wichtig ist, es gibt an sich keine Schnellreise funktion, überall wo du hin willst, musst du zu Fuß erreichen. Eine Ausnahme bildet hier die Hauptstadt und Zielkristalle. Es gibt zwei Händler, bei denen du sogenannte Reisesteine kaufen kannst, die dich zurück nach Gran Soren bringen, oder zu dem schon genannten Zielkristall, den du ab einem bestimmten Punkt der Story bekommst und überall in Gransys beliebig oft ablegen und aufnehmen kannst (abgelegt ist er danach per Reisestein auswählbar). Nachdem du das Spiel einmal durchgespielt hast, kannst du ein NewGame+ anfangen, dort kannst du auch mehrere von den Zielkristallen bei einem Händler kaufen. Ansonsten gibt es nur den einen (und eben fest den in Gran Soren).