Hab keine Zeit alles zu lesen, aber auf Anhieb fällt mir ganz spontan ein:

Scret of Mana: die Dämonenfestung und die dazugehörende Stadt

Lufia II: Die Ahnenhöhle

Bei FF gefielen mir generell die Dungeons von FF IX am besten, ich fand sie nie langweilig und auch sehr schön ausgearbeitet.