Wird dir vielleicht nicht viel weiterhelfen, aber ich würde dir ohnehin raten auf den Scripteditor zu verzichten. Das Syntax-Highlighting ist schlecht, er legt keine Backups deiner Scripte an, er legt nur eine kurze History an (du kannst also nicht durch wiederholtes STRG+Z drücken an den Anfang des Scriptens zurückkehren), er hat keine Autovervollständigung und wenn der Computer abstürzt ist unter Umständen gleich alles kaputt.

Leider gibt es unter Windows kaum gute Texteditoren (zumindest kenne ich keine). Du kannst Scite oder Notepad++ verwenden. Es gibt auch IDEs, die Ruby können. Hier sind Netbeans oder Eclipse empfehlenswert.

Du kannst die Scripte einfach in einem eigenen Ordner im Projektordner abspeichern, z.B. in einem Ordner "scripte". Zum Einbinden der Scripte schreibst du im Scripteditor einfach
Code: 
$: << "./scripte" # sagt Ruby wo es die Scripte findet
require "script1" # lade das Script mit dem Dateinamen script1.rb
require "script2"
# ...
Ich glaub im RPGMaker VX funktioniert require nicht richtig. Du kannst mal versuchen ob Kernel.require funktioniert. Ansonsten kann man sich auch selbst eine require-Methode schreiben.