Das ist nichts, woran Bethesda oder irgendjemand sonst etwas ändern kann. Wenn eine Mod ein Haus auf Berg X setzt, und eine andere Mod Berg X einebnet und stattdessen einen See an diese Stelle macht, dann ist dir ein schwebendes Haus über dem See garantiert.
Problematisch wird es nur, wenn Mods Sachen ändern, die sie eigentlich nicht ändern sollten, weil sie nicht in ihrem hauptsächlichen Aufgabenbereich liegen. Leider sind fast alle größeren, beliebten "Pflichtmods" so aufgebaut.