Für euer Ilos Dilemma gibt es doch eine ganz einfache Erklärung: Die Protheaner sind nicht (wie fälschlicherweise angenommen)
ein Volk,
eine Spezies. Sie dürften vielmehr als eine Art Zusammenschluss mehrere Rassen verstanden werden, ähnlich dem aktuellen Stand im ME-Universum in dem ist ein Dutzend verschiedenartiger Völker gibt. Zumindest habe ich damals schon in der Hinsicht "theoretisiert".

Ich würd mich jetzt nicht zu sehr auf die schlaksigen Aliens aus dem Erstling versteifen, wo ihr euch eigentlich auch schon hätte fragen müsse: „Warum nur eine Spezies? Am Ende dieses Zyklus‘ gibt es doch auch mehrere“. Es könnten mehrere sein, und der „Protheaner“ ist eben ein Vertreter. Immerhin kommt der Protheaner vom Look her den Kollektoren sehr nahe, was immerhin diesen Rückschluss leicht herleiten lässt.