Wie gesagt, es ist nicht in allen Spielen so
Die Beispiele, die du genannt hast, sind da schon sehr gut, mit würde dazu noch P3 einfallen. Da ist Nyx, die Mutter der Schatten die reinkarnation der Menschen, die sich nach dem Tod sehnen, weshalb sie diesen den Menschen bringen will. Nun kämpfen aber einige wenige Personen (die Protagonisten) genau dagegen an, zwar wissen sie, dass der Tod unausweichlich ist, aber wenigstens wollen sie ihn hinausschieben
Und weiterhin fiele mir noch Viewtiful Joe ein, bei dem die Bösewichte (zumindest immer der letzte Gegner) ein bestimmtes Motiv hatten, warum sie die Welt beherrschen wollten. Blue war verbittert, weil niemand mehr seine Filme sah und ihn vergaß, deshalb wollte er sie zwingen, wieder an ihn zu denken.
Black wollte seinem Sohn ein Vorbild sein, kam dabei aber vom rechten Weg ab und wurde zum Emperor
In Double Trouble war es die Mutter, die eigentlich überhaupt nicht böse war, sondern Joe nur testen wollte (sprich, das ganze böse Gehabe war nur gespielt)

Und noch ein Beispiel, diesmal eines meiner Stories: In der Games World Reihe sollte man bis zum Schluss glauben, dass Phantom/Zero der Böse wäre, der allen nur das Spiel versauen wollte, bis man dann herausfand, dass er von dem Spielekonzern ermordet wurde, weil er ein finsteres Geheimnis aufgedeckt hatte
Sein zerstörter Verstand hat dann diese Form in der virtuellen Welt angenommen, wo er seine Rache an den wirklichen Bösen vornahm (aber auch hier sind die Grenzen sehr verschwommen, da Zero ethisch gesehen auch nicht ganz fair handelt)

Solche Beispiele findet man immer wieder, aber im Allgemeinen trifft das zu, was ich oben schon genannt habe. Vor allem bei klassischen Fantasyrpgs, da die Monster einfach nur die Monster sind, das war's