Was mit daran liegt, dass die von euch verwendete Implementation einer Vigenère-Verschlüsselung verbuggt ist, was sie BTW auch mit anderen (korrekten) Implementationen inkompatibel macht.
Im Klartext: Euer "Vigenerizer" geht im Schlüssel eine Stelle weiter, auch wenn gar kein Zeichen verschlüsselt wurde (etwa beim Sonderzeichen, Umlauten oder Whitespace). Diese Vorgehensweise ist insbesondere im Alphabet-Modus sehr problematisch. Auf der anderen Seite hat mich das davon abgehalten, euren alten Schlüssel einfach zu berechnen.
Im ASCII-Modus tritt aber nach wie vor das von dm beschriebene Problem auf. Außerdem schätze ich, dass Zeichen oberhalb von 0x7F (außerhalb des ASCII-Codes, z.B. Umlaute) bei euch auch jetzt unangetastet an ihrer Stelle bleiben.