Das kommt immer drauf an auf was du Lust hast.
Beim Modding ist man ja doch an eine eingeengte Engine und eine teilweise rechts feinmaschige Story gebunden.
Auch der Stil ist beim Modding vorgegeben und die gemoddeten Sachen können nur von Spielern gespielt werden die das Grundspiel auch besitzen.

Beim Maker ist es insofern Praktisch, dass man zwar ein Programm hat das auf RPGs ausgelegt ist, aber grundsätzlich lässt sich auch fast alles erstellen was man aus dem 2D bereich kennt.
Es gibt sogar online Spiele für den Maker - Strategiespiele, Adventures sowie 2D JnRs und sogar Puzzle Games habe ich schon gesehen und gespielt.
Einzig und allein bei ISO-Grafik wirds schwer den Maker zu verwenden.
Bei den neueren Makern (XP/VX) gibt es mit der eingebauten Scriptfunktion auch nur noch eine sehr geringe "Nichtmachbarkeitsgrenze"

Wenn es rein ums können geht, glaube ich dass auch viele der User hier beim Maker bleiben würden. In 3D-Spielen braucht man immer mehr know-how als wie bei einem 2D-Spiel.

Und zum anderen ist auch die Zeit ein wichtiges Thema. 2D Spiele erstellen sich im Normalfall schneller als 3D spiele und sehen in der Hobbyentwicklung schnittmäßig auch besser aus.
Das liegt vor allem daran, dass Tilebasierende System irgendwo immer gleich aussehen.
Bei 3D-Spielen kommt man ohne Team schonmal nicht weit. Trotz einiger Baukästen kommt man nicht drumrum programmieren zu lernen und sich zumindest Grundwissen über alle Bereiche anzueignen. Dann ein Beispiel: Hobbyentwickler bauen modelle mit 400 Polys, Professinelle mit mehr als 900 Polys - krasser Unterschied.
Beim makerspiel ist das Tile immer gleich groß (je nach Maker halt) und auch kommerzielle Entwickler können da (teilweise) nicht mehr rausholen als so mancher Hobbyuser.

Im Grunde genommen ist es also die Frage was du lieber machst.
Wenns dir nur ums Komponieren und Texturenerstellen geht, dann hast du beim Maker eine Gleich gute Ausgangsposition