Haderer hat das wichtigste bereits gesagt.

- In Megaton gibt es einige Quests und Questreihen sowie einen Wackelkopf. Es wäre sinnvoll diese vorher ab zu schließen da dir sonst viele Erfahrungspunkte und Gegenstände entgehen.

- Es spielt keine Rolle wann man sich dafür oder dagegen entscheidet an der Bombe zu basteln. Dies kann selbst nach dem eigentlichen Durchspielen (mittels Mod oder DLC Broken Steel) noch erledigt werden, steht dir also absolut frei. Sobald keine Quests mehr zu holen sind, kennst du den Zeitpunkt

- Der Tenpenny-Tower lässt sich auch ohne diese Quest zu jederzeit besuchen und betreten. Es wird lediglich eine kleine Gebür beim ersten Besuch erhoben. Auch stehen dir die Quests die in diesem angeboten sind zu jeder Zeit unabhängig von deiner Entscheidung zur Verfügung.

- Somit ist dein Wohnungssitz und der mögliche Verlust einer brauchbaren Händlerin eigentlich die einzig relevante Entscheidung für oder gegen eine Sprengung, neben deiner Charauslegung.