Im Grunde machst du das schon richtig. Einziges Problem ist, dass deine Änderungen an anderen *.esp/m nur im Spiel auftauchen, wenn die auch in der Master-Liste deiner *.esp/m stehen.

Bei *.esm ist das kein Problem, da du hier aber großteils mit *.esp arbeitest solltest du dir folgende Wiki-Artikel durchlesen: Esp vs. Esm & De-Isolation Tutorial


Die Alternative ist, dass du die Änderungen in den *.esps selbst machst (als Active File). Warum das CS dann beim speichern abstürzt kann ich dir aber auch nicht sagen.
Seltsamerweise haben manche Ladekonstelllationen diese Angewohnheit (liegt an den *.esp/m --> passiert nicht bei allen), wobei ich bisher vor allem davon gehört habe wenn es darum ging sie als Master zu verwenden (sprich: die Änderungen in einem anderen Plugin zu speichern).