Die Frage ist doch, ob die Performance darunter leidet oder nicht. So wie ich das sehe musst du nur wenige Abfragen machen (Koordinaten des Tiles im Tileset berechnen, dort dann den Pixel abfragen, das drei Mal für jeden Layer). Das sollte eigentlich in wenigen Microsekunden gehen. Bevor du also krampfhaft nach anderen Lösungen suchst, würde ich erstmal testen ob das Spiel durch diese Entscheidung zu ruckeln anfängt.
Zudem ist die erste Lösung ja auch erstmal leichter umzusetzen bzw. hast du sie ja schon so ziemlich fertig.