Ruby bietet die "Time"-Klasse an, die dafür perfekt geeignet ist.
Ein kleines Modul um die Funktionen dafür in game-variablen zu kapseln:
Code: 
module EventTime
 # Hier die Variablen-IDs eintragen, wo der entsprechende Wert gespeichert werden soll
 ID_YEAR = 1
 ID_MONTH = 2
 ID_DAY = 3
 ID_HOUR = 4
 ID_MINUTE = 5
 ID_SECOND = 6

 def EventTime.update
  t = Time.new
  $game_variables[ID_YEAR] = t.year
  $game_variables[ID_MONTH] = t.month
  $game_variables[ID_DAY] = t.day
  $game_variables[ID_HOUR] = t.hour
  $game_variables[ID_MINUTE] = t.min
  $game_variables[ID_SECOND] = t.sec
 end
end
Einfach oben bei den konstanten die entsprechenden Variablen-IDs eintragen und dann einfach per Ruby-Code "EventTime.update" aufrufen, danach kannst du die aktuellen Zeitwerte aus den Variablen auslesen.

Nur für den Zeitzähler das Menü neu zu machen ist mMn ziemlicher Overkill. Die Klasse "Window_PlayTime" ist für das anzeigen der Spielzeit zuständig, ich hab den Maker gerade nicht offen, aber eine Anpassung dieser um aus einem frischen Time-Objekt die aktuellen Zeit auszulesen sollte relativ simpel sein.