Vielleicht ein Antivirus oder sowas, das den dicken fetten Ordner scannt und deshalb drauf zugegriffen wird?
Ich hab leider keine Ahnung, ob Windows im abgesicherten Modus USB Sticks erkennt bzw. obs nen Unterschied macht, ob mit dem Stick angeschlossen gebootet wird oder nicht. Sonst könnte man mal versuchen, den Ordner da zu kopieren.