Falls es sich bei den beiden letzten Zeilen um den Footer der Tabelle handelt würde ich die Tabelle mit <thead>,<tbody> und <tfoot> strukturieren.

Ansonsten bleibt dir nur dieser Weg: (ungetestet )
Code (JavaScript): 
var table = document.getElementById("tabelle");
var trs = table.getElementsByTagName("tr");
var pos = trs.length - 3;
 
table.insertAfter(tr_element, trs[pos]);