Vielleicht musst du in den Winamp Einstellungen einrichten, welche Mediendateien Winamp öffnen soll und welche nicht. Es reicht nicht, dem VLC Player zu sagen was der öffnen soll, du musst auch Winamp sagen, was es nicht öffnen soll. Sonst setzt Winamp das Ganze jedes Mal zurück. Zumindest klingts für mich stark danach.