Ich verstehe nicht ganz dein Problem. Du kannst die Tilemap im Spiel doch verändern, auch während sie angezeigt wird.

Code: 
$game_map.data[x, y, z]
Gibt die die ID des Tiles im Tileset zurück, welche an der Position x/y im Layer z liegt. Du kannst diese ID natürlich auch neu setzen.
Code: 
$game_map.data[x, y, z] = NEUE_ID
Das geht sowohl mit Autotiles, wie auch mit normalen Tiles.