Bei jedem Emailserver, den ich bisher so gesehen habe, gabs eine "emails nach dem runterladen auf dem server lassen" option. bzw. das ist mWn eh eine clientseitige einstellung.
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Eben, da Abrufen (Befehl: RETR) und Löschen (Befehl: DELE) zweierlei Befehle, an den POP3/IMAP Server sind.
Ein POP3/IMAP Server ist ja kein Stack, der nur Pop/Push kennt.