Man könnte abschließend folgendes sagen. Die Pokémon mit göttlicher Macht benutzen ihre Kraft nicht für den Protagonisten, weil diese zu mächtig ist. Immerhin sind es Götter, also sind sie wohl schlau genug um so zu handeln. Sie begleiten den Protagonisten, weil dieser in ihren Augen würdie ist. So wird es sogar einige Male erwähnt, wenn ich mich recht erinnere. Ihre Allmacht müssen sie deswegen nicht gleich einsetzen.
Edit: Gilt nur für die Originalspiele.