Das innovativste und damit interessanteste (und imho beste, aber das ist sehr geschmacksabhängig, weil so innovativ) ist Knights in the Nightmare von Sting (Riviera, Yggdra Union).

Für so ein Spiel wurde der DS hergestellt. Perfekte Nutzung des Touchscreens, das Gameplay hätte auf keiner anderen Konsole funktionieren können. Eine so gute Vereinigung der Hardware mit der Software erlebt man selten.
Deshalb wollte ich das Spiel erwähnen. Kennt ja immer fast niemand

Wie Fire Emblem ist es aber nicht... aber die ganzen anderen SRPGs mit typischen Strategie Interface, die hier genannt wurden, auch nicht. (Advance Wars geht da noch am meisten in die Richtung AFAIK)

Was das angeht mal Rondo of Swords angucken. Das Gameplay ist zwar ungewöhnlich, das Setting, die Story und die Charaktere und deren Interaktionen während der Strategie-Schlachten hat aber viele Ähnlichkeiten mit Fire Emblem und ist deshalb, denke ich, genau das, was hier gesucht wird.
Wenn nicht, wurde die Frage falsch gestellt