Tomoyas Geschlecht ist fester Bestandteil der Story. Nur damit die spielbaren Charaktere nicht nur aus Frauen bestehen, kann nicht die gesamte Handlung verdreht werden. Zudem denke ich, dass Tomoya nach all dem, was seit der Umwandlung geschehen ist, kaum mehr wieder in ihr alter Körper zurück will, unter anderem wegen dem Grund, den Makoto genannt hat.
Du musst dich halt mit der Umwandlungskarte begnügen, auch wenn diese bloss einen Angriff lang (oder wars für einen ganzen Kampf...?) wirkt.
Ich persönlich finde eine reine Frauentruppe nicht schlimm, solange es nicht bloss als Fanservice dient. Hat mich in FFX-2 auch nicht gestört (mal abgesehen von gewissen girly Szenen...).