Wenn der Ton in der MKV True-HD / DTS-HD ist dann auch. Aber dafür gibt es momentan nur einen Freeplayer der das kann.
Das dies Standard wird ist aber nicht abzusehen, da dieser Soundspuren deutlich mehr Speicher fressen und die meisten Leute den Unterschied nicht wahrnehmen werden / können.
Ansonsten sind nur BDs HDCP geschützt soweit ich weiß, ob der Schutz erweitert wird ist noch offen.