Durchsuch dein MIDI mal nach MIDI-Steuerbefehlen (Controllerbefehle, Bankwechsel etc.). Nicht alle MIDI-Editoren können diese anzeigen oder underdrücken sie per default, und nicht alle Player können sie interpretieren. Ich hatte mal dasselbe Problem, und nach Löschung eines fehl-interpretierten Steuerbefehls lief alles wunderbar.