Liegt wohl daran, dass die in deinem editierten Tileset nicht am richtigen Platz sind.
Im Normalfall gibt es spezielle Bereiche in der Datei, die sich dann beim arbeiten mit dem Maker verbinden (einzelne Wassertiles,...).
Ich weiß allerdings nicht welchen Maker du benutzt, dashalb kann ich auch nicht sagen, welche zusammenhängen. Hast du dir den normalen Inhalt eines Tilesets mal angesehen? (z.B. Worldmap-Tilesets-> da sieht man ganz deutig, was zusammengehört und was nicht.)