Bei den Level-ups orientiert sich das Spiel an den Basiswerten, das stimmt. Die Basiswerte stellen allerdings, wie der Name schon sagt, die Grundwerte der Charaktere dar. Und "Steigerungen" erhöhen die Basiswerte nicht; Substanzen und Ausrüstungsgegenstände übrigens ebenfalls nicht.
D.h. der Spieler hat in FF7 schlichtweg keinen Einfluss auf die Statuserhöhungen bei den Level-ups (außer eben das Spiel immer zu resetten, wenn das gewünschte Ergebnis nicht eintritt, aber...bwah).