@ T.A.C.:

Wie raiel schon sagte kann es auch an verlorenen Dateisegmenten liegen, die dadurch entstehen, wenn mitten beim Schreiben aller aktuellen Daten auf die HDD Windows plötzlich abstürzt (simlpes Kopieren einer Datei, Downloads etc. pp), weshalb auch immer. ScanDisk wird dich dann fragen, ob du diese verlorenen Dateisegmente zugeordnet haben möchtest (sprich in richtige Dateien transformiert haben möchtest, denn vorher schwirren diese noch zuordnungslos auf deiner Platte herum) oder lieber direkt löschst, was zu epmfehlen ist.

Desweiteren solltest du bei Defrag etwas beachten:
Er führt immer nur eine der beiden möglichen Optionen aus ("auf Fehler überprüfen" oder "die Programme neu anordnen, um diese schneller zu starten"), nicht, das du dich wunderst .