speichere die Videos als unkomprimierte avis. Die werden zwar dann weitaus größer aber dann sind sie besser zu bearbeiten, weil das Video nur aus I-Frames besteht und nicht aus I-,B- und P-Frames.
Evtl. kommt dann auch der Fehler nicht mehr, da ich denke, dass da irgendwo ein Codecproblem vorliegt. Gerade MPEG-4 (DivX, XviD) lassen sich äußerst schlecht bearbeiten. MPEG-4 wird selbst heute noch von vielen Programmen nicht korrekt unterstützt.
Speichern als unkomprimierte avis kannst du ja auch VirtualDubMod nehmen.