Nettes Thema!
Hast fast schon die meisten genannt, die ich auch genannt hätte.
Hätte noch paar zu ergänzen:

Hrist Valkyrie (Valkyrie Profile-Serie)

Hach ja, die älteste und imo die interssanteste Schwester unter den 3 Walküren und zugleich eine fiese Bitch... und das ist schon ein Grund genug xD
Sie ist loyal, sie ist verbittert und sie sorgt sich um ihre Schwestern, auch wenn sie es nicht gerne zugibt.
VP3:Hrist kann nur kommen.

Yuri Hyuga (Shadow Hearts-Serie)

Ich glaube, jeder, der SH1 oder SH2 gezockt hat, wird mir hier zustimmen.
Er ist einfach der Anti-Held schlechthin und imo der beste männliche Videospielcharakter aus der JRPG-Genre.
Sarkastisch wie eh und je, grob, unhöflich und doch sehr liebenswürdig und schüchtern im inneren Kern. Außerdem hat er eine ziemlich traurige Kindheitsgeschichte hinter sich.

Koudelka (aus... Koudelka <_<)

Endlich mal ein weiblicher Hauptcharakter, der zufällig nicht in die obligatorische Rolle der Damsel in Distress gezwängt wird. Und das im Jahr 1999.
Nun ja, sie ist... einzigartig. Ich weiß nicht, aber sie wirkt auf den Spieler, zumindest auf mich, so geheimnisvoll und anziehend (und das meine ich nicht körperlich ^^).


Hm, momentan fällt mir keiner mehr ein.